PCR實驗室作為分子生物學技術，能夠通過DNA基因追蹤系統對患者病情進行科學、準確、實時的掌控。PCR實驗室的核心問題就是如何避免實驗室之間的交叉感染。那么一個合格的PCR實驗室設計應該是怎樣的呢？
PCR實驗室可分為兩個大的功能工作區域：核酸擴增前區和核酸擴增后區。
核算擴增前區包括試劑準備間和樣本制備間，這兩個房間各自獨立，不能出現空氣互通，這兩個房間相對外界氣壓呈正壓狀態。核酸擴增后區包括擴增區和產物分析區，使用實時熒光PCR儀、HIV病毒載量測定儀的PCR實驗室，這兩個區域可以合并為一個房間。這個區域如果是分開兩個房間，這兩個房間也必須是各自獨立，不能出現空氣互通。核算擴增后區對外界氣壓呈負壓狀態。
PCR實驗室根據使用儀器的功能合理設置各個工作區域，如采用聚合酶聯反應：則設置試劑儲存和準備區、標本制備區、擴增區、擴增產物分析區四個單獨的工作區域，這是最常用的分區方式。樣品需要粉碎處理的，還需增設樣品粉碎區。若使用實時熒光PCR儀：基因擴增區、基因產物分析區可以合并在一個房間內。采用標本處理、核酸提取及擴增檢測為一體的全自動化PCR分析儀，則標本制備區、擴增區、擴增產物分析區可合并為一個區域，因此PCR實驗室原則上設置五個區或四個區或三個區或二個單獨的工作區。
實驗室設備也是保證工作的不可缺少的配件，在PCR實驗室設計時，應根據每個實驗室的要求配置不同的儀器設備等。如：離心機、生物安全柜、超凈工作臺、加樣器，電泳儀(槽)、電轉印儀、雜交爐或雜交箱、水浴箱、DNA測序儀、酶標儀和洗板機等。
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